Škoda Motorsport vyvinula pro Fabia RS Rally2 nový motor. Pohonná jednotka prošla těmi nejnáročnějšími testy a díky tomu mohla být dobře optimalizována. Přeplňovaný motor o objemu 1,6 litru ve voze Fabia RS Rally2 vychází z motoru 2.0 TSI z rodiny benzínových TSI motorů EA888, které jsou mimo jiné i pod kapotou modelů RS. Motor má výkon přibližně 214 kW (289 k). Maximální točivý moment 430 Nm je přenášen na všechna čtyři kola prostřednictvím sekvenční pětistupňové převodovky a dvou diferenciálů.
Sekvenční pětistupňová převodovka, speciálně navržená pro nasazení v rally, umožňuje jezdci měnit rychlostní stupně v řádu několika milisekund pomocí řadicí páky bez použití spojky. Fabia RS Rally2 má sice manuální spojku, ale ta se používá pouze při rozjezdu, parkování nebo pomalé jízdě. Pro co nejlepší zrychlení na úzkých a klikatých rychlostních zkouškách má Fabia RS Rally2 relativně krátké převodové poměry. I tak ale dosahuje dostatečné maximální rychlosti 200 km/h.
Koncepce pohonu modelu Fabia RS Rally2 se od standardního modelu Fabia výrazně liší a to nejen pohonem všech kol. Technické předpisy FIA například zakazují jakoukoliv elektronickou asistenci pro zlepšení trakce. U pohonu všech kol jsou povoleny pouze mechanické uzávěrky diferenciálů na přední a zadní nápravě, použití mezinápravových diferenciálů s uzávěrkou je zakázáno. Novinkou je hydraulicky ovládaná mezinápravová spojka, která přichází ke slovu při zatažení ruční brzdy. Toto řešení je v rally běžně používáno pro rychlejší nasměrování vozu do zatáčky. Na obou nápravách jsou použity vzpěry MacPherson, které lépe snášejí extrémní zatížení.