V dubnu 1996 byl představen zcela nový model Škoda Octavia. O tři roky později přišel vůz Škoda Fabia. V roce 2001 byl představen vůz Škoda Superb, nový luxusní sedan v kategorii vozů vyšší střední třídy. Byly vybudovány výrobní závody v Rusku, Číně a Indii.
V Mladé Boleslavi se slaví výroba miliontého vozu Škoda od spojení s VW. Představuje se Škoda Octavia. Tato druhá modelová řada značky pokládá základní kámen úspěchu podniku v příštích letech.
Škoda poprvé vyrábí více než 400 000 vozů ročně. Vyváženy jsou do 70 zemí světa.
Škoda vstupuje do kategorie motorsportu World Rally Car (WRC). Na autosalonu ve Frankfurt n.M. se představuje zcela nová Škoda Fabia, o rok později ji doplní i provedení Fabia Combi.
Škoda v Mladé Boleslavi zakládá první firemní vysokou školu v České republice: Škoda Auto Vysokou školu.
Škoda Octavia RS je doposud nejrychlejším sériovým vozem značky. Pod tradičním názvem Superb představuje Škoda novou luxusní model a navazuje tím na historickou výrobní řadu vyšších tříd z let 1934 až 1949. V indickém Aurangabadu vzniká první závod Škoda mimo Evropu.
Fabia WRC má premiéru na ženevském autosalonu.