V roce 1987 byl do výroby zaveden dlouho očekávaný a zcela nový vůz Škoda Favorit. V březnu 1991 došlo ke spojení automobilky Škoda s německým koncernem Volkswagen. Také se zcela změnil název společnosti – Škoda, automobilová akciová společnost.
Představuje se modelová řada Favorit. V rekordním čase se daří přechod na moderní koncept vozu s motorem vpředu, pohonem předních kol a kompaktní karoserií s velkým zadním víkem. Elegantní karoserii navrhuje italský designér Nuccio Bertone.
Škoda Favorit přichází na trh a slaví prodejní úspěchy jak v Československu, tak v zahraničí.
Po politickém převratu v roce 1989 se hledá silný zahraniční partner, který by firmu Škoda přeměnil podle tržně ekonomických podmínek na mezinárodně konkurenceschopnou. V prosinci 1990 se česká vláda rozhoduje pro Volkswagen.
Škoda, automobilová a. s. zahajuje činnost a stává se vedle VW, Audi a Seatu čtvrtou značkou koncernu Volkswagen.
Průběžně probíhá proces zvyšování kvality výroby, všechny vozy Škoda dostávají jednobodové vstřikování a řízené katalyzátory.
Model Škoda Favorit je po více než milionu vyrobených exemplářů nahrazen typem Felicia, první společně vyvinutým vozem od spojení s VW. Do roku 2001 se vyrobilo přes 1,4 milionu vozidel Felicia.
V Mladé Boleslavi je položen základní kámen výrobního závodu pro výrobu budoucího nového modelu střední třídy Octavia.